Dem Armutsideal der Franziskaner entsprechend, besitzt die Kirche keinen Turm, sondern nur einen Dachreiter mit vier Glocken. In den Jahren 1954/55 erfolgte eine umfassende Ausweitung und Restaurierung der Kirche. Zehn Jahre später wurde ein Teil des ehemaligen Jodokus-Klosters hinzugenommen und als Sakramentskapelle ausgestattet.

Die Kirche ist durch zwei Eingänge zu betreten. Das Hauptportal verweist mit Mosaiken auf den Sonnengesang des hl. Franziskus (1957, W. Heiner). Das barocke "von Consbruchsche Portal" zur Obernstraße hin stammt von 1713. Über beiden Portalen grüßt einladend jeweils eine in unterschiedlicher Zeit entstandene Statue des hl. Franz von Assisi.

Von der Vorhalle betritt man durch den gotischen Portalbogen den Innenraum in seiner klaren, vornehmen Einfachheit. Es handelt sich um einen einschiffigen Bau der Spätgotik mit fünf Jochen und Seitennischen sowie einem einjochigen Chor mit 5/8-Schluß. Die Schönheit der freigelegten Gewölbeornamente aus den Jahren 1515 und 1878 tritt deutlich hervor. Die im Krieg zerstörten Fenster wurden 1950/60 von W. Heiner neu gestaltet. Ihre Farbigkeit erfüllt den Raum.

Auf dem Weg zum Chorraum steht rechts in einer Vitrine eine spätgotische Statue des Namenspatrons St. Jodokus (um 1480, aus dem Aachener Dom) mit Pilgermantel und -hut, Muschel und Stab, den Fuß auf der abgelegten Krone. Den Altar schmückt eine farbenprächtige Bilderwand von 17 Ikonen, die nach Art eines gotischen Flügelaltars um den Tabernakel gestaltet ist und Szenen aus dem Leben Jesu zeigt. Es ist dies der erste Versuch in einer katholischen Kirche, über dem Altar ein Ikonenretabel orthodoxer Herkunft (1962, A. Saweljew) anzubringen: zugleich ein ökumenischer Brückenschlag.

Altar und Ambo wurden von H. Hartmann gefertigt (1970). Das Ikonenkreuz über dem Altar stammt von der Insel Zypern (um 1700). Von kunstgeschichtlicher Seltenheit ist der Levitenstuhl aus der Frührenaissance. Die dezent in Farbe gesetzten Figuren stellen korrespondierend Christus und Franziskus mit Maria und der hl. Klara dar.

Auf dem Weg vom Chor zum linken Seitenschiff sieht man als erstes Bielefelds ältestes Kunstwerk: das Gnadenbild der "Schwarzen Muttergottes" von 1220. Die Holzfigur, deren Antlitz mit Silber überzogen sind, zeigt eine thronende Madonna in königlicher Haltung. Auf ihrem linken Knie sitzt das segnende Jesuskind. Die Hoheit dieser Figurengruppe ist byzantinisch beeinflußt, doch der Faltenwurf um die Füße und zu beiden Seiten ist frühgotische Gestaltung.

Im Kreuzgang befinden sich eine Christus- und Marienikone (1964, A. Saweljew) und alte Bilder aus der Franziskanerzeit. In der Mitte des ansprechend gestalteten Innenhofs steht ein Säulenrelief von H. Hartmann (1980).

Das in Weichholz geschnitzte Marienretabel vor der Sakramentskapelle stammt aus der Frührenaissance (1510). Es stand ursprünglich im Dom zu Sitten, Schweiz. In der Mitte steht die in königlichem Gold-Blau gekleidete gekrönte Maria mit dem Kind, dem sie eine Traube reicht (Hinweis auf das Blut Christi). Links hält ein heiliger Bischof Hirtenstab und Schwert in den Händen. Rechts erkennt man St. Michael, den Schutzpatron des deutschen Volkes, mit Schwert und Waage (Engel des Gerichts), den Fuß auf den Drachen stellend.

Die Sakramentskapelle schmücken ein stehendes Altarkreuz (1964, E. Weinert), eine gotische Anna-Selbdritt sowie eine Christus- und Thomas-Figurengruppe (um 1920, S. Müller, Oerlinghausen).

Der "Schmerzensmann" von F. Guntermann (1922) kurz vor dem Ausgang gilt als ein besonders ausdrucksstarkes Werk. Die im hinteren Teil der Kirche stehende wertvolle barocke Pietà stammt aus dem 17. Jahrhundert.

Vom Mittelgang aus erblickt man den schön restaurierten Orgelprospekt mit seinem reichhaltigen Schnitzwerk. Die ursprünglich 1653 von dem Bielefelder Reinking erbaute Orgel wurde im Laufe der Jahrhunderte erweitert. Das heutige Orgelwerk mit 42 Registern stammt aus den Werkstätten der Fa. Kreienbrink in Osnabrück (1974).